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1、缺乏具有独立知识产权的产品
随着世贸组织的临近，知识产权的保护已提到日程上来。知识创新和技术创新已成为我们目前的主要任务，剖析、仿制已不适应现代科技发展的需要。根据世界贸易组织实施的与贸易有关的知识产权(TRIPs)保护协议，WTO各成员国应扩大对知识产权的保护范围，这要求中国企业必须通过支付专利许可证费用来合法购买西方发达国家的专利。政府也将加大知识产权保护力度，严惩任何有损国家和企业名誉的侵权行为。因此，未来关于知识产权保护的争端在一定时期内将不可避免地呈现上升趋势。目前，我国在无机高分子絮凝剂方面已形成了不少专利，具有一定的优势;在有机高分子絮凝剂、缓蚀阻垢剂、杀菌剂、阻垢分散剂等方面专利产品少，缺乏针对性强的独具特色的药剂，没有强有力的参与国际竞争的拳头产品、名牌产品和明星企业。只有通过不断地研制创新，实现产业化，才能形成自己的品牌，才有可能具有国际竞争力。
2.生产规模小且分散，技术相对落后，质量不稳定，缺乏国际竞争力
现有水处理剂产量尽管已基本满足国内市场的需求，但每个生产厂的规模小，单剂的生产最高为2-3吨，难以适应产品质量的均匀稳定、降低生产成本、出口等要求，尤其在聚合物的生产上(如分子量的大小、分子量分布等)存在很大的差距。
3.应用技术水平较低
在废水处理与回用技术经济水平，总体来说是效率低、成本高。缺乏水资源化处理的高效、低耗工艺及相应的设备，导致废水回用率低。现有的水污染处理设施的运行率较低，废水处理的合格率在55%左右。
4.工程研究设计生产技术服务的配套方面未完全系统化,缺乏国际竞争的能力
配套设施的不完善，影响水系统管理的自动化，浪费人力资源，如石化一个水系统，需16-20人(4班3倒，每班4-5人，加上分析人员);而Nalco 公司在自动化控制和管理、实现远程监测控制方面，Merck公司在水质分析仪器方面，均具有明显的优势，从而为水处理的管理和正常运行提供了保证。
5.缺乏大量的科研和软件开发的投入
没有投入，就没有产出，没有科技投入，就没有生命力。目前的资金投入仅限于工业化的生产，而对基础研究的投入很少，从而使得水处理技术方面处于无纵深、无层次、技术储备少的状况，无法步入自我积累、自我发展的良性循环的运行状态。
6.其他
另外，由于中国大幅度降低关税和削减非关税壁垒，进入我国市场的交易成本将大大降低，外国投资者不再需要绕过高关税壁垒，有可能减少对华直接投资。即使来华投资，他们不再需要将技术转让作为前提条件。尤其是美国等一些西方国家，其一贯实行的对我国的高技术出口限制政策可能在一定时期或一定程度上有所加强。这些都不利于我国引进国外的先进技术。
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