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制药废水厌氧生物处理是利用厌氧微生物的代谢过程，在无需提高氧气的情况下把有机物转化为无机物和少量的细胞物质，这些无机物主要包括大量的沼气和水。这种处理方法对于低浓度有机制药废水，是一种高效省能的处理工艺；对于高浓度有机制药废水，不仅是一种省能的治理手段，而且是一种产能方式。
厌氧生物处理技术现已广泛应用于世界范围内各种制药废水的处理，它的处理工艺主要有普通厌氧消化，厌氧接触工艺，上流式厌氧污泥床（UASB），厌氧流化床，厌氧生物转盘等。该工艺将环境保护、能源回收和生态良性循环有机结合起来，能明显地降低有机污染物，用厌氧处理高浓度有机制药废水有较高的处理效果，BOD去除率可达90%以上，COD去除率可达70%—90%，并将大部分有机物转化为甲烷。用该法处理制药废水成本比好氧处理要低，设备负荷高，占地面积少，产生剩余污泥量较少，可直接处理高浓度有机制药废水，不需要大量稀释水，并可使在好氧条件下难于降解的有机物进行降解，但它仍有不足之处，其初次启动过程较慢，对有毒物质较为敏感，操作控制因素比较复杂，且出水COD浓度高于好氧处理，仍需要后续处理才能达到较高的排水标准。如孙剑辉等研究的用铁屑作的UBF酸化反应器与UASB组成的两相厌氧系统能够稳定、高效地处理制药废水
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